Il Liceo diocesano appartiene alla Diocesi di Lugano, ma gode di ampia autonomia a livello organizzativo.
Il direttore č nominato dal Vescovo di Lugano.
Č affiancato da un consiglio di direzione, composto da un vicedirettore, nominato dal direttore dopo aver ascoltato il parere del collegio docenti, e da tre altri insegnanti, eletti dal collegio docenti.
Il collegio docenti si compone di tutti gli insegnanti ed č convocato di regola almeno ogni due mesi.
L’attivitā scolastica ed educativa del liceo č sostenuta dall’Associazione Amici del Liceo diocesano. Tale sostegno si esprime in iniziative finalizzate a far conoscere e comprendere nel suo autentico spirito il progetto educativo-culturale dell’istituto; come pure in contributi finanziari, o di altra natura, destinati a strumenti didattici (ad esempio: biblioteca, laboratori, audiovisivi) e a costituire fondi in favore degli studenti meno abbienti. 
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